Первые упоминания о землях, на которых сейчас располагается комплекс прудов, относятся к 16 веку.

Согласно одной из легенд , происхождение названия села Борисово связано с именем боярина Бориса Годунова.

В конце 16 века он получил имение, состоящее из нескольких сел, в подарок от царя Федора Ивановича. Через некоторое время после воцарения Годунова село Овражки стало называться Борисово, а позднее так стал именоваться весь комплекс сел.

В это же время на речке Городенке, протекающей по Борисову, возник огромный пруд, названный Царево-Борисовским.

Вплоть до 17 века на территории имения располагались сады, принадлежавшие государеву двору. Уход за ними осуществляли специально нанятые садовники. В пруду разводили ценную рыбу, которая потом поступала на императорский стол. Борисовские крестьяне считались зажиточными, так как садоводство приносило им большой доход.

В конце 19 века в селе были открыты училище и библиотека. Их посещали не только местные жители, но и ученики из близлежащих сел. Однако крестьяне-старообрядцы, которые составляли большую часть населения Борисова, предпочитали обучать своих детей в частных церковных школах.

Незадолго до революции 1917 года на деньги старообрядческой общины в селе была построена церковь , которая успешно функционировала вплоть до 1925 года.

В начале 30-х годов 20 века Борисово настигла коллективизация, и на месте села был организован колхоз под названием «Красные всходы». На тот момент в селе работала кузница, многие крестьяне занимались сапожным промыслом. Почти каждое подворье имело домашний скот, в том числе коров и лошадей.

В 1930 году в здании закрытого храма был организован склад зерна, в 1960 году переоборудованный в мотоклуб.

В послевоенные годы колхоз стал носить имя В.И. Ленина. Сейчас от старого села не осталось никаких следов, кроме уцелевшего здания храма. После перестройки ему вернули статус церкви и сейчас в нем проводятся службы.

В 2007 году были проведены масштабные работы по очистке Борисовского пруда. В 2011 году мэрией Москвы было принято решение о благоустройстве прилегающих к пруду территорий.